La encantadora villa de Pipaón, enclavada en el municipio de Lagrán y perteneciente a la cuadrilla de Montaña Alavesa-Arabako Mendialdea, se encuentra al sur de la provincia de Álava, cerca de la majestuosa Sierra de Toloño-Cantabria. Sus fronteras territoriales se extienden hacia la comunidad de Laño, Pipaón y Peñacerrada al norte; mientras que al sur limita con Samaniego y Laguardia. Al este, limita con Lagrán, y al oeste con Peñacerrada.

El paisaje del municipio está atravesado de sur a norte por el serpenteante río Inglares. Pipaón se sitúa a una altitud de 843 metros en el corazón de su territorio, en estrecha proximidad a la ribera izquierda del río, rodeada por majestuosas montañas. Es especialmente notable la zona sur del municipio, atravesada por la imponente Sierra de Cantabria, donde las cumbres más destacadas alcanzan alturas que oscilan entre los 1.000 metros y los 1.366 metros del monte Cervera.